Els àmbits de recerca i innovació de l'INEFC són:
EDUCACIÓ FÍSICA I ESPORT
ENTRENAMENT I RENDIMENT ESPORTIU
INVESTIGACIÓ SOCIAL, RECREACIÓ I GESTIÓ ESPORTIVA
SALUT I ACTIVITAT FÍSICA
Cada un d'aquests àmbits està vinculat a les línies de recerca específiques dels programes de doctorat que organitzen el centre de Lleida i el centre de Barcelona.
Per tal de desenvolupar i promoure la investigació i la innovació en aquests àmbits l'INEFC compta amb diversos grups i unitats de recerca. Les investigacions en curs es poden consultar a l'INEFC-Barcelona i a l'INEFC-Lleida.